火山圖與熱圖繪製代碼提示詞（差異表達分析 R / Python）
做完轉錄組、蛋白組差異分析後，用它生成火山圖（標註關鍵基因）和聚類熱圖（行 z-score、分組註釋）的完整代碼。
通用大模型 對話模型通用
【角色】你是一名生物資訊學可視化工程師，熟悉 R（ggplot2、ggrepel、pheatmap、ComplexHeatmap）和 Python（matplotlib、seaborn）。 【背景】 - 差異分析結果表：[文件名]，列名包括 [結果表的列名] - 差異分析工具：[DESeq2/edgeR/limma 等] - 閾值：|log2FC| ≥ [log2FC 閾值]，校正 p 值 < [顯著性閾值] - 需要標註的基因：[基因名單或前 N 個] - 熱圖數據：[標準化表達矩陣文件]，樣本分組資訊：[分組文件或說明] - 語言：[R/Python] 【任務】 1. 火山圖：按上調、下調、不顯著三類着色，畫閾值虛線，用 ggrepel 或 adjustText 標註指定基因並避免重疊，圖中顯示上調和下調基因數量。 2. 熱圖：取差異基因或指定基因，按行做 z-score 標準化，行列層次聚類（說明距離和聚類方法），頂部加樣本分組註釋條。 3. 配色：火山圖避免紅綠搭配；熱圖用藍—白—紅等發散色板，中點設為 0。 4. 按期刊尺寸導出 PDF 和 600 dpi TIFF。 5. 給出圖注模板，寫明閾值、校正方法和標準化方式。 【約束】 - 顯著性判斷使用校正後的 p 值（如 padj 或 FDR），不要用原始 p 值。 - 處理 p 值為 0 導致 -log10 無窮大的情況。 - 代碼中的示例數據要標註「請替換」。 【輸出格式】 火山圖代碼 → 熱圖代碼 → 參數說明表 → 圖注模板。
高亮處換成你自己的內容：[文件名]、[結果表的列名]、[DESeq2/edgeR/limma 等]、[log2FC 閾值]、[顯著性閾值]、[基因名單或前 N 個]、[標準化表達矩陣文件]、[分組文件或說明]、[R/Python]
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使用說明
怎麼填變量：[結果表的列名] 直接複製結果表的表頭，例如 DESeq2 預設是 log2FoldChange、pvalue、padj。閾值以你方法部分寫的為準，前後必須一致。
追問技巧：熱圖樣本太多時追問「只顯示分組註釋、隱藏樣本名」；基因標註太擠時，追問「只標 |log2FC| 最大的前 10 個」。
適合模型：通用大模型均可。
閾值應在分析前確定並在方法中報告，不要反覆調整閾值直到「結果好看」。
示例輸出
示例，僅供參考（R）
r
res$group <- with(res, ifelse(padj < 0.05 & log2FoldChange >= 1, "Up",
ifelse(padj < 0.05 & log2FoldChange <= -1, "Down", "NS")))
ggplot(res, aes(log2FoldChange, -log10(padj), colour = group)) +
geom_point(size = 0.8) +
geom_vline(xintercept = c(-1, 1), linetype = "dashed") +
geom_hline(yintercept = -log10(0.05), linetype = "dashed") +
scale_colour_manual(values = c(Up = "#D55E00", Down = "#0072B2", NS = "grey70"))同款作品
用這條提示詞做出來的作品；原作者會因此獲得積分
還沒有同款，來做第一個。
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