分子之心MMDesign报告:19个项目18个命中,6个GPCR靶点全成功

论文AI 评分 78/100量子位待复核
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分子之心发布AI蛋白质从头设计平台MMDesign技术报告,覆盖18个靶点、纳米抗体与大环肽两类模态共19个项目。每个项目仅测试9至50个候选分子,18个项目获得实验确认的结合分子,项目成功率94.7%;全部453个受测候选中139个确认结合,候选命中率30.7%。CCR7、CCR8、EP2、GPR68、NK3R、A2AR六个GPCR靶点全部命中,最优亲和力均达纳摩尔级。对6个已有结合分子的靶点再设计,5个在命中率或亲和力上进一步提升。

全文梳理

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平台验证规模

分子之心发布了MMDesign平台的技术报告,报告覆盖了18个靶点和19个设计项目。在这些项目中,每个项目仅测试了9至50个候选分子,最终18个项目获得了实验确认的结合分子,成功率达到94.7%。全部受测候选分子共计453个,其中139个被确认结合,整体命中率为30.7%。这些数据表明,MMDesign平台在少量候选分子的情况下实现了较高的实验验证成功率。

GPCR靶点表现

在GPCR靶点方面,六个GPCR靶点全部获得了结合分子,且六个靶点的最优亲和力均达到纳摩尔级。其中,GPR68的最优KD低至12.1纳摩尔,其11个候选中有10个命中。NK3R的30个候选全部命中,命中率达到100%。此外,五个无先例的GPCR靶点在89个候选中有53个结合,命中率为59.6%。这些结果显示了平台在GPCR靶点上的设计能力。

再设计与提升

对于六个已有结合分子的靶点,MMDesign平台进行了再设计,其中五个靶点的结合分子获得了提升。以PDGFR为例,命中率由4.0%提升至21.1%,最佳KD由150纳摩尔降至37纳摩尔。这表明平台在优化现有结合分子方面具有潜力。

大环肽项目结果

在大环肽项目方面,MDM2项目的21个候选中有16个命中,最佳KD为13.7微摩尔;PD-L1项目的28个候选中有11个命中,最佳KD为40.2微摩尔。这些数据提供了平台在大环肽设计上的初步验证。

为什么值得看

GPCR是公认难做的抗体设计靶点,报告给出跨靶点、跨模态的湿实验验证数据,可判断从头设计离实际药物发现还有多远。

信源1 家

  1. [1]量子位19个项目18个成功,6个GPCR靶点全获命中!国产AI制药再破技术天花板

关键事实

  • 19个设计项目中18个获得实验确认的结合分子,项目成功率94.7%[1]

  • 六个GPCR靶点全部获得结合分子,最优亲和力均达纳摩尔级,GPR68最优KD低至12.1纳摩尔[1]

  • 全部453个受测候选中139个确认结合,整体候选命中率30.7%[1]

  • 对6个已有结合分子的靶点再设计,5个在命中率、最佳亲和力或两者上获得提升[1]

  • 大环肽项目中MDM2的21个候选有16个命中,PD-L1的28个候选有11个命中[1]

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